Le séquençage de nouvelle génération (NGS) combiné à de puissantes approches bioinformatiques révolutionne la microbiologie alimentaire.

Le séquençage du génome entier (WGS) d’isolats simples permet la comparaison la plus détaillée possible jusqu’à présent de souches individuelles. Les deux principales approches pour la discrimination des souches, l’analyse du polymorphisme mononucléotidique (SNP) et le typage de séquence multi-locus génomique (MLST) montrent des résultats concordants pour le regroupement phylogénétique et sont complémentaires l’une de l’autre. Le métabarcodage et la métagénomique, appliqués à l’ADN total isolé des matières alimentaires ou de l’environnement de production, permettent l’identification de populations microbiennes complètes. La métagénomique identifie l’intégralité du contenu des gènes et lorsqu’elle est couplée à la transcriptomique ou à la protéomique, elle permet d’identifier la capacité fonctionnelle et l’activité biochimique des populations microbiennes. Cette revue se concentre sur l’utilisation récente et le potentiel futur des NGS en microbiologie alimentaire et sur les défis actuels. Des conseils sont fournis aux nouveaux utilisateurs, tels que les services de santé publique et l’industrie alimentaire, sur la mise en œuvre des NGS et sur la façon d’interpréter les résultats de manière critique et de les placer dans un contexte plus large. L’examen vise à promouvoir l’application plus large des technologies des NGS dans l’industrie alimentaire ainsi qu’à mettre en évidence les lacunes dans les connaissances et les nouvelles applications des NGS dans le but de stimuler la recherche future et d’augmenter les résultats en matière de sécurité sanitaire des aliments de son utilisation plus large.