Chaque année, les maladies microbiennes d’origine alimentaire concernent environ 1,5 millions de personnes en France métropolitaine et provoquent environ 250 décès.

Elles peuvent être infectieuses ou dues à l’activité d’une toxine microbienne préformée dans l’aliment. Depuis 2006, la gestion de la sécurité sanitaire des aliments est régie par le règlement européen (CE) no 178/2002. L’application de cette réglementation implique la mise en place pour chaque production d’une démarche basée sur le risque avec obligation de résultats. La difficulté encore actuelle à maîtriser les pathogènes dans les aliments est majoritairement due à une impossibilité d’éviter toute erreur sur l’ensemble de la chaîne alimentaire mais également due à l’émergence de nouveaux dangers. Les défis actuels de la maîtrise de la sécurité microbiologique des aliments sont de développer des techniques rapides et spécifiques de détection et d’identification des pathogènes, de renforcer les études d’attribution des sources, et d’améliorer la réactivité des systèmes de gestion.