Dans le cadre d’un essai clinique, 36 adultes en bonne santé ont été assignés au hasard à un régime de 10 semaines comprenant soit des aliments fermentés, soit des aliments riches en fibres. Les deux régimes ont eu des effets différents sur le microbiome intestinal et le système immunitaire.

La consommation d’aliments tels que le yaourt, le kéfir, le fromage blanc fermenté, le kimchi et d’autres légumes fermentés, les boissons à base de saumure végétale et le thé kombucha a entraîné une augmentation de la diversité microbienne globale, les effets étant plus marqués lorsque les portions sont plus importantes. « C’est une découverte étonnante », a déclaré Justin Sonnenburg, PhD, professeur associé de microbiologie et d’immunologie. « Elle fournit l’un des premiers exemples de la façon dont un simple changement de régime alimentaire peut remodeler de manière reproductible le microbiote dans une cohorte d’adultes en bonne santé. »

En outre, quatre types de cellules immunitaires ont montré une moindre activation dans le groupe des aliments fermentés. Les niveaux de 19 protéines inflammatoires mesurés dans les échantillons de sang ont également diminué. L’une de ces protéines, l’interleukine 6, a été liée à des pathologies telles que la polyarthrite rhumatoïde, le diabète de type 2 et le stress chronique.

« Les régimes alimentaires ciblant le microbiote peuvent modifier le statut immunitaire, ce qui constitue une voie prometteuse pour réduire l’inflammation chez les adultes en bonne santé », a déclaré Christopher Gardner, PhD, professeur Rehnborg Farquhar et directeur des études nutritionnelles au Stanford Prevention Research Center. « Cette constatation était cohérente pour tous les participants à l’étude qui ont été affectés au groupe d’aliments fermentés plus élevés. »

La diversité microbienne est stable dans un régime riche en fibres

En revanche, aucune de ces 19 protéines inflammatoires n’a diminué chez les participants assignés à un régime riche en fibres, c’est-à-dire en légumineuses, graines, céréales complètes, noix, légumes et fruits. En moyenne, la diversité de leurs microbes intestinaux est également restée stable. « Nous nous attendions à ce qu’un régime riche en fibres ait un effet bénéfique plus universel et augmente la diversité du microbiote », a déclaré Erica Sonnenburg, PhD, chercheuse principale en sciences fondamentales de la vie, microbiologie et immunologie. « Les données suggèrent qu’un apport accru en fibres sur une courte période est insuffisant pour augmenter la diversité du microbiote. »

L’étude sera publiée en ligne le 12 juillet dans Cell. Justin et Erica Sonnenburg et Christopher Gardner sont coauteurs principaux. Les auteurs principaux sont Hannah Wastyk, étudiante en doctorat en bio-ingénierie, et Gabriela Fragiadakis, ancienne boursière postdoctorale, qui est maintenant professeur adjoint de médecine à l’Université de Californie à San Francisco.

De nombreuses preuves ont démontré que l’alimentation façonne le microbiome intestinal, ce qui peut avoir une incidence sur le système immunitaire et la santé en général. Selon Gardner, une faible diversité du microbiome a été liée à l’obésité et au diabète.

« Nous voulions mener une étude de validation de concept pour vérifier si une alimentation ciblée sur le microbiote pouvait être un moyen de lutter contre l’augmentation considérable des maladies inflammatoires chroniques », a déclaré M. Gardner.

Les chercheurs se sont concentrés sur les fibres et les aliments fermentés en raison des rapports précédents sur leurs avantages potentiels pour la santé. Alors que les régimes riches en fibres ont été associés à des taux de mortalité plus faibles, la consommation d’aliments fermentés peut aider à maintenir le poids et peut réduire le risque de diabète, de cancer et de maladies cardiovasculaires.

Les chercheurs ont analysé des échantillons de sang et de selles prélevés pendant une période de trois semaines avant l’essai, les dix semaines du régime et une période de quatre semaines après le régime, pendant laquelle les participants mangeaient comme ils le souhaitaient.

Les résultats donnent une image nuancée de l’influence du régime alimentaire sur les microbes intestinaux et le statut immunitaire. D’une part, ceux qui ont augmenté leur consommation d’aliments fermentés ont montré des effets similaires sur la diversité de leur microbiome et sur les marqueurs inflammatoires, ce qui correspond à des recherches antérieures montrant que des changements à court terme dans le régime alimentaire peuvent rapidement modifier le microbiome intestinal. D’autre part, le changement limité du microbiome dans le groupe riche en fibres concorde avec les rapports précédents des chercheurs sur la résilience générale du microbiome humain sur de courtes périodes.

Conception d’un ensemble de stratégies alimentaires et microbiennes

Les résultats ont également montré qu’une plus grande consommation de fibres entraîne une plus grande quantité de glucides dans les échantillons de selles, ce qui indique une dégradation incomplète des fibres par les microbes intestinaux. Ces résultats sont cohérents avec d’autres recherches suggérant que le microbiome des personnes vivant dans le monde industrialisé est appauvri en microbes dégradant les fibres.

« Il est possible qu’une intervention plus longue aurait permis au microbiote de s’adapter de manière adéquate à l’augmentation de la consommation de fibres », a déclaré Erica Sonnenburg. « Alternativement, l’introduction délibérée de microbes consommateurs de fibres pourrait être nécessaire pour augmenter la capacité du microbiote à dégrader les glucides. »