Les comparaisons du microbiote entre les tissus dentaires sains et malades ont accentué l’importance de cultiver et d’identifier les espèces bactériennes qui jouent un rôle dans l’initiation et la progression des caries dentaires.
L’objectif de cette étude était d’évaluer la composition de la communauté bactérienne chez des enfants actifs et exempts de caries.
Des échantillons de plaque supragingivale ont été prélevés chez 64 enfants du Moyen-Orient ayant des caries et 64 n’en ayant pas. L’hypervariable V3-V4 du gène de l’ARNr 16S bactérien a été séquencé avec l’identification des microbes oraux humains par séquençage de nouvelle génération. Des analyses de la structure et de la composition des communautés microbiennes ont été réalisées en traitant les unités taxonomiques opérationnelles. Des analyses bioinformatiques, notamment l’analyse de la similarité, des diversités alpha et bêta, et l’analyse des coordonnées principales, ont été effectuées.
Les indices de diversité n’ont pas révélé de différences entre les groupes avec et sans caries (p > 0,05). L’analyse de similitude a démontré que la composition du microbiote ne différait pas entre les deux groupes. L’analyse comparative au niveau des espèces a révélé une abondance relative significativement plus élevée de Leptotrichia shahii, Prevotella melaninogenica, Veillonella dispar, Leptotrichia HOT 498 et Streptococcus mutans chez les enfants atteints de caries (p < 0,05). Corynebacterium matruchotii, Lautropia mirabilis, Neisseria elongata et Corynebacterium durum étaient relativement plus abondants dans le groupe sans caries (p < 0,05). Les espèces appartenant aux genres Leptotrichia, Prevotella et Veillonella étaient significativement prédominantes chez les sujets atteints de caries.
Compte tenu de l’absence d’association claire entre Corynebacterium spp. et le statut de la carie dentaire dans la littérature, la prédominance de ces espèces chez les enfants exempts de caries justifie des recherches plus approfondies pour comprendre leur rôle possible dans une communauté microbienne associée à la santé.
La compréhension de la relation entre les bactéries spécifiques présentes dans les biofilms dentaires et la santé et la maladie est essentielle pour prévenir et combattre les caries dentaires. En utilisant des techniques avancées de séquençage de nouvelle génération, la présente étude a démontré la complexité du microbiome de la carie et a identifié des espèces/générations dont la virulence ou les propriétés protectrices devraient être explorées plus avant.
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