La cavité buccale est un habitat très approprié pour un large éventail de bactéries dont une proportion importante est l’anaérobie facultative ou stricte.

Chez les individus en bonne santé, des sites spécifiques de la cavité buccale sont colonisés par des communautés microbiennes spécifiques et un équilibre des espèces au sein de la communauté, appelé «homéostasie microbienne», est maintenu. Lorsque cet équilibre est perturbé, la composition du biofilm se modifie, ce qui conduit à l’apparition d’infections locales pouvant entraîner la perte de dents. Au début des infections, les bactéries à Gram positif dominent la composition du biofilm, mais si elles ne sont pas perturbées, un biofilm plus complexe se forme, où les bâtonnets anaérobies et protéolytiques à Gram négatif deviennent dominants.