Le microbiote pulmonaire est l’ensemble des micro-organismes qui vivent dans les poumons. Il est composé de bactéries, de virus, de champignons et de parasites. Bien que le nombre de micro-organismes dans les poumons soit inférieur à celui du côlon, le microbiote pulmonaire joue un rôle important dans la tolérance des voies respiratoires et les réponses immunitaires aux infections respiratoires.
Les changements dans l’abondance et la diversification des micro-organismes dans les voies respiratoires supérieures et inférieures sont associés à des pathologies des voies respiratoires comme l’asthme et les infections pulmonaires. Par exemple, les espèces de Prevotella favorisent l’homéostasie pulmonaire, tandis qu’un environnement pulmonaire pro-inflammatoire peut conduire à la prolifération de bactéries Gram-négatives comme les Gammaproteobacteria.
Le tabagisme modifie la composition du microbiote pulmonaire, augmentant les Proteobacteria pro-inflammatoires et les Firmicutes tout en diminuant les Oceanospirillales, Desulfuromonadales, Nesterenkonia et Lactobacillaceae anti-inflammatoires. Ceci est lié à des résultats cliniques négatifs dans la COVID-19, suggérant un lien entre le mode de vie, le microbiote et l’immunité antivirale.
Des études ont montré une connexion entre le microbiote pulmonaire et intestinal, les changements dans la composition du microbiote pulmonaire influençant la tolérance immunitaire et les réponses aux allergènes. La dysbiose intestinale peut augmenter la susceptibilité aux infections pulmonaires. De plus, les souris dépourvues de microbiote présentent une inflammation et des lésions organiques plus élevées lors d’infections pulmonaires, tandis que le transfert de microbiote fécal sain améliore les symptômes respiratoires et réduit les niveaux de cytokines pro-inflammatoires. La dysbiose intestinale peut prédisposer les individus aux infections des voies respiratoires, y compris la pneumonie, la bronchopneumopathie chronique obstructive, la fibrose kystique et le cancer du poumon, soulignant l’interaction étroite entre ces deux communautés microbiennes.
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