Une étude génétique analysant le microbiome (bactéries présentes dans l’intestin) d’un vaste échantillon national représentatif de la population finlandaise révèle que des facteurs géographiques, démographiques, alimentaires et liés au mode de vie favorisent la propagation de la résistance aux antibiotiques dans l’ensemble de la population.
L’étude la plus complète de ce type, réalisée par le Dr Katariina Pärnänen de l’Université de Turku en Finlande et ses collègues, présentée cette année au Congrès européen de microbiologie clinique et des maladies infectieuses (ECCMID) à Copenhague, au Danemark (15-18 avril), met en évidence le besoin urgent d’interventions ciblées pour réduire la résistance aux antibiotiques, adaptées aux différentes caractéristiques démographiques et aux différents modes de vie.
Les bactéries résistantes aux antibiotiques peuvent se propager dans des populations adultes en bonne santé et passer largement inaperçues. La résistance aux antimicrobiens constitue une menace importante pour l’humanité et est devenue l’une des principales causes de décès dans le monde. On estime qu’elle sera à l’origine de 5 millions de décès en 2019 et qu’elle sera la cause directe de 1,27 million de décès [1]. Selon les estimations, la résistance aux antimicrobiens dépassera le cancer en tant que principale cause de décès dans le monde d’ici 2050 [2].
Malgré les efforts remarquables déployés au cours de la dernière décennie pour cartographier la composition globale du microbiome intestinal et ses liens avec la santé, il est urgent de mieux comprendre les facteurs qui déterminent la distribution de la résistance aux antimicrobiens au sein de la population générale.
Pour en savoir plus, les chercheurs ont étudié dans quelle mesure les facteurs démographiques, alimentaires, sanitaires et géographiques influencent l’abondance des gènes de résistance aux antibiotiques (ARG) dans les échantillons fécaux du métagénome intestinal de 7 098 adultes ne présentant aucun symptôme et participant à l’étude nationale FINKRISK, une vaste enquête représentative de la population finlandaise menée tous les cinq ans depuis 1972.
Le projet FINRISK recueille de nombreuses données sur la santé et le mode de vie, y compris les principaux diagnostics, les mesures sanguines, le régime alimentaire habituel et l’utilisation de médicaments sur ordonnance, qui sont des indicateurs des trois mécanismes écologiques qui influencent l’abondance des ARG : l’acquisition d’ARG externes à partir de la nourriture, l’état de santé de l’hôte (résistance endémique) et la sélection de bactéries résistantes à travers les médicaments.
Les chercheurs ont utilisé les métagénomes de fusil de chasse (séquençage génétique non ciblé de toutes les bactéries vivant dans l’intestin) pour examiner les associations entre la charge, la diversité et la composition des gènes de résistance aux antibiotiques des participants et la géographie, la démographie, le mode de vie et les facteurs de santé.
Comme prévu, les analyses ont montré que l’utilisation d’antibiotiques était liée à des charges ARG plus élevées, mais que d’autres classes de médicaments, telles que les médicaments psycholeptiques (par exemple, les opioïdes et les barbituriques), étaient également associées à une plus grande abondance de gènes de résistance aux antibiotiques.
Les analyses ont également révélé que la consommation plus fréquente de légumes crus et de volaille (deux aliments contenant de grandes quantités de bactéries résistantes) était associée à des charges et à une diversité ARG plus élevées.
En outre, les charges, la composition et la diversité des ARG étaient également associées à la géographie. Par exemple, les habitants de l’ouest de la Finlande présentaient une plus grande abondance et une plus grande diversité d’ARG que ceux de l’est. Une densité de population plus élevée était également associée à une charge et à une diversité ARG plus importantes.
Il est intéressant de noter que les charges ARG varient clairement en fonction de la démographie, les femmes et les participants ayant des revenus plus élevés ayant plus de gènes de résistance.
« Nos résultats montrent clairement que la géographie, la démographie et le régime alimentaire jouent un rôle sous-estimé dans la résistance aux antibiotiques », déclare le Dr Pärnänen. « Cela a des implications importantes pour la crise de la résistance aux antibiotiques, car de plus en plus de personnes vivent dans des zones et des villes densément peuplées et sont en mesure d’acheter des types d’aliments plus chers, tels que la viande et les produits frais, ainsi que des médicaments. La réduction ou la prévention de la propagation de la résistance aux antimicrobiens nécessitera des plans d’action au niveau national qui vont au-delà de la réglementation de l’utilisation abusive des prescriptions d’antibiotiques. »
