Variabilité génétique ou single nucleotid polymorphism (SNP)

Il s’agit de l’étude des variations de la structure d’une paire de nucléotides au sein du génome humain chez différents individus. Nous avons pu voir dans un précédant  article que ce sont les gènes qui sont responsables des traits génétiques et que chaque gène est formé grâce à la liaison entre des paires de nucléotides. Les humains ont la même structure génétique globalement. Cependant, on peut observer des modifications dans certaines paires de nucléotides d’un individu à un autre. Ces variations conduisent à une modification de certains traits génétiques. On appelle ces modifications interindividuelles des polymorphismes génétiques (SNPs). Il s’agit donc d’une variabilité interindividuelle et non intraindividuelle (comme celle qu’on utilise pour explorer le système nerveux autonome) puisqu’il s’agit d’effectuer des comparaisons entre des paires nucléotidiques de différents individus.

Seulement une minorité de gènes comporte des SNPs mais ces changements sont souvent majeurs puisqu’ils modifient les voies métaboliques.

L’exemple le plus simple afin d’expliquer l’utilité des SNPs est le suivant :

Une dizaine de patients souffrent de la même maladie avec la même intensité et les mêmes symptômes, résultats d’analyses biologiques, radiographies, examen clinique, caractéristiques anthropométriques, âge, sexe…etc. sont similaires. Bref, un parfait échantillon pour une étude clinique. Un chercheur ne pourrait pas mieux trouver.

Un médecin va traiter ces patients qui à priori souffrent du même problème, en donnant un traitement unique pour tout le monde avec le même dosage, les mêmes médicaments, la même durée et les mêmes conditions et horaires de prise. Sept des dix patients vont guérir complètement. Les trois autres ne répondent pas au traitement, ils restent toujours malades. Le médecin va se gratter la tête car il ne comprend pas pourquoi son traitement fonctionne avec les sept patients et pas les trois autres alors qu’ils présentent tous les mêmes caractéristiques pathologiques et qu’ils ont pris le même traitement. Il décide donc d’augmenter la dose pour ces trois patients en gardant toujours le même traitement. Au bout de la durée du traitement, un de ces trois patients guérit. Il en reste deux. Le médecin va donc changer de traitement pour leur donner à tout les deux un autre traitement qui va guérir l’un d’entre eux. Celui qui reste malade ne va jamais guérir. Il ira faire le tour de plusieurs médecins sans résultat.

S’agit-il d’un mauvais diagnostic ? Qu’est ce que les médecins ont loupé et qui fait que ce patient ne guérit pas ? Et puis pourquoi il a fallut augmenter la dose pour l’un et de changer de traitement pour l’autre ?

Les SNPs sont la solution à ces contradictions. Ils permettront d’expliquer pourquoi un traitement fonctionne sur certains et pas sur d’autres et quels sont les traitements les plus adaptés à chaque profil de polymorphisme génétique.

C’est en raison de l’existence de ces polymorphismes génétiques que les individus présentent des caractéristiques différentes. Plus de 90% des différences génotypiques sont dues aux polymorphismes nucléotidiques. Le changement d’une seule paire de nucléotides au sein d’un gène pourrait être le prédicateur d’une maladie, ou la cause d’une modification d’une voie métabolique.

Il existe pas moins de 600 milles SNPs en tout. Seule une minorité de ces SNPs sont connus et bien explorés (1000 à peu près).

Exemples d’utilisation des SNPs :

– La mutation du gène APO E est liée à un risque élevé de maladie d’Alzheimer

– Le gène CYP2D6 avec ces halotypes est responsable du métabolisme du tamoxifen, de la codéine et des bétabloquants. Si ce gène est muté, la personne métabolisera mal le Sintrom (entre autres), elle est dite « poor metabolizer ». Le dosage du Sintrom doit alors être diminué car il y a risque d’hémorragie.

– Le gène COMT avec ces deux formes rapide et lente régule la méthylation et l’inactivation des catécholamines.

– Le gène NQO1 possède un SNP qui inhibe la transformation du coenzyme Q en ubiquinol, ce qui revient au fait qu’une personne pourrait consommer beaucoup de coenzyme Q sans augmenter significativement son taux d’ubiquinol.

Ce dernier exemple explique pour quoi les dosages efficaces sont variables d’une personne à une autre. En cas de présence du SNP qui inhibe la transformation du coenzyme Q on saura qu’il faudra donner autre chose qui, dans la voie métabolique, se situerait après le blocage du coenzyme Q ou même carrément de l’ubiquinol.

A partir des SNPs on peut adapter un traitement, comprendre les voies métaboliques d’une pathologie, adapter un régime nutritionnel, un programme de remise en forme, une cure de supplémentation. Tout est expliqué, il n’y a plus de pourcentage d’efficacité où par exemple 80% des individus vont répondre positivement à un protocole et 20% ne vont pas répondre. Ces derniers ont tout simplement des SNPs différents des autres 80%. En prenant les SNPs en compte 100% des individus répondront positivement au protocole. C’est mécanique!

CONCLUSION :

Les polymorphismes génétiques constituent une révolution dans le domaine des sciences médicales et biologiques. Aucun autre moyen de diagnostic ne permet de donner des explications aussi précises sur le fonctionnement du métabolisme. La limite entre la physiologie et la physiopathologie n’existe pas. Chaque cas s’explique à travers les SNPs qu’il présente.