Cependant, tous ces individus ne développent pas les stades sévères de NAFLD ce qui a mené à l’identification de cofacteurs aggravants ou inversement protecteurs dont le microbiote intestinal. Les études réalisées dans des modèles de rongeurs ont ainsi permis de mettre en évidence le rôle causal du microbiote intestinal dans cette pathologie. Les motifs bactériens, tels que les lipopolysaccharides ou de l’ADN bactérien, de même que les métabolites produits par les bactéries intestinales sont directement impliqués dans la médiation de leurs effets, bien que loin d’être totalement identifiés. La modulation par des fibres, des prébiotiques ou des probiotiques permet de prévenir ou d’améliorer la NAFLD dans les modèles murins. La transposition de ces données à la thérapeutique humaine est encourageante mais reste plus limitée.

En effet, il existe clairement une dysbiose (modification du microbiote intestinal dans son ensemble) associée aux différents stades de la NAFLD. Les premiers essais cliniques effectués chez les patients en vue d’améliorer la NAFLD ont donné des résultats positifs bien que l’analyse reste compliquée compte tenu des nombreux facteurs confondants, tels que la prise de metformine ou d’inhibiteurs de la pompe à protons.

Un premier essai clinique utilisant un métabolite issu d’Akkermansia muciniphila permet toutefois de dire que de nouvelles pistes thérapeutiques vont émerger dans les années à venir basées soit sur la modulation du microbiote intestinal directement, soit sur la modulation des cibles de ce microbiote intestinal.