L’horloge principale est mise à l’heure par la lumière ambiante. Par des voies neuroendocrines, les horloges secondaires reçoivent un tempo de l’horloge principale. De plus, les horloges secondaires sont mises à l’heure par l’horaire des repas via des signaux circulants (hormones métaboliques, métabolites). Des facteurs métaboliques associés à certains régimes, par exemple : riches en gras, modifient les oscillations circadiennes dans les horloges périphériques et l’horloge principale.

Des interactions moléculaires réciproques relient les processus métaboliques intracellulaires et les rouages circadiens. Les pathologies métaboliques sont associées à des altérations circadiennes. Une désynchronisation circadienne ou des repas pris à des horaires atypiques sont obésogènes et diabétogènes. Une alimentation contrôlée diurne a des effets bénéfiques sur la santé métabolique.