Les technologies de séquençage à haut débit permettent de déterminer avec plus de précision si le microbiome intestinal de l’obésité est caractérisé par une diversité moindre et une composition modifiée au niveau du phylum ou du genre. Nous avons réalisé une revue systématique dans PubMed et Embase incluant 32 études transversales évaluant la composition du microbiome intestinal par séquençage à haut débit chez des adultes obèses et non obèses.

Une diversité alpha (indice de Shannon) significativement plus faible chez les adultes obèses que chez les adultes non obèses a été observée dans neuf études sur 22, et une méta-analyse de sept études a révélé une différence moyenne non significative (-0,06, IC 95 % -0,24, 0,12, I2 = 81 %). Au niveau de l’embranchement, une augmentation significative des Firmicutes et une diminution des Bacteroidetes chez les adultes obèses par rapport aux adultes non obèses ont été observées dans six études sur dix-sept et dans quatre études sur dix-huit, respectivement. Les méta-analyses de six études ont révélé une augmentation significative des Firmicutes (5,50, 95% 0,27, 10,73, I2 = 81%) et une diminution non significative des Bacteroidetes (-4,79, 95% CI -10,77, 1,20, I2 = 86%). Au niveau des genres, des proportions relatives inférieures de Bifidobacterium et d’Eggerthella et supérieures d’Acidaminococcus, d’Anaerococcus, de Catenibacterium, de Dialister, de Dorea, d’Escherichia-Shigella, d’Eubacterium, de Fusobacterium, de Megasphera, de Prevotella, de Roseburia, de Streptococcus et de Sutterella ont été observées chez les adultes obèses par rapport aux adultes non obèses. Bien qu’une partie des études ait trouvé une plus faible diversité et des différences dans la composition du microbiome intestinal chez les adultes obèses par rapport aux adultes non obèses, l’hétérogénéité observée entre les études empêche d’apporter des réponses claires.

Dans l’ensemble, nous avons observé des résultats divergents dans la composition du microbiome intestinal des personnes obèses par rapport aux personnes non obèses dans toutes les études, tant au niveau du phylum que du genre. Une diversité alpha plus faible chez les personnes obèses que chez les personnes non obèses a été observée dans une proportion importante d’études, mais notre méta-analyse sur l’indice de Shannon n’a révélé aucune différence significative. Le rapport B:F pourrait être considéré comme un marqueur de dysbiose pour l’obésité, bien que d’autres recherches avec des technologies standardisées soient nécessaires pour le considérer comme une caractéristique de l’obésité ou pour le remplacer par une mesure plus fine que la comparaison des communautés au simple niveau des phyla. Il convient toutefois de faire preuve de prudence lorsqu’il s’agit d’appliquer ces résultats à une population quelconque, étant donné que peu d’études ont pu être méta-analysées et qu’une hétérogénéité importante a été constatée. Dans l’intérêt de l’exactitude des données, de la reproductibilité et de la comparabilité des résultats, la normalisation et l’harmonisation de l’extraction de l’ADN, des méthodes d’amplification, des technologies de séquençage à haut débit et des bases de données de référence pour la classification taxonomique sont nécessaires pour permettre une meilleure interopérabilité entre les études, étant donné que les données omiques étendues nécessitent davantage d’expertise et de ressources informatiques pour gérer et interpréter les résultats. Un plus grand nombre de méta-analyses au niveau individuel – de préférence avec des pipelines bioinformatiques standardisés – permettant des approches plus flexibles et standardisées que la méta-analyse au niveau de l’étude, pourrait aider à clarifier les résultats divergents observés ici. Avec de nouvelles études utilisant des méthodologies standardisées et avancées, cela permettrait de concevoir des stratégies de prévention des maladies, ainsi que des stratégies de traitement personnalisées contre l’obésité par modulation du microbiome.

Source :https://www.ncbi.nlm.nih.gov/pmc/articles/PMC8746372/