Une étude d’association à l’échelle du génome de la supplémentation en huile de poisson sur les caractères lipidiques chez 81246 personnes révèle de nouveaux locus d’interaction gène-régime

La supplémentation en huile de poisson est largement utilisée pour réduire les triglycérides sériques (TAG) mais a des effets mitigés sur d’autres biomarqueurs cardiovasculaires circulants.

De nombreux polymorphismes génétiques ont été associés aux lipides sanguins, notamment le cholestérol à lipoprotéines de haute et de basse densité (HDL-C, LDL-C), le cholestérol total et les TAG.
Ici, les effets d’interaction gène-diète d’une supplémentation en huile de poisson sur ces lipides ont été analysés dans une cohorte de découverte comprenant jusqu’à 73 962 participants de la UK Biobank, en utilisant un test à 1 degré de liberté (1df) pour les effets d’interaction et un test à 2 degrés de liberté (2df) pour analyser conjointement les effets d’interaction et principaux. Les associations avec P < 1×10-6 dans l’un ou l’autre des tests (26 157 ; 18 300 variants uniques) ont été avancées pour être répliquées chez un maximum de 7 284 participants de l’étude ARIC (Atherosclerosis Risk in Communities). Les associations répliquées atteignant 1df P < 0,05 (2 175 ; 1 763 variants uniques) ont été utilisées dans les méta-analyses. Les chercheurs ont trouvé 13 loci répliqués et 159 loci non répliqués (UK Biobank uniquement) avec des tests conjoints 2df significatifs qui étaient principalement dirigés par des effets principaux et ont été rapportés précédemment. Quatre nouveaux loci d’interaction ont été identifiés avec 1df P < 5×10-8 dans la méta-analyse. La variante principale du groupe de gènes GJB6-GJB2-GJA3, rs112803755 (A>G ; fréquence de l’allèle mineur = 0,041), présente exclusivement des effets d’interaction. L’allèle mineur est significativement associé à une diminution des TAG chez les personnes ayant reçu une supplémentation en huile de poisson, mais à une augmentation des TAG chez celles n’ayant pas reçu de supplémentation. Ce locus est significativement associé à une expression plus élevée de la connexine 26 dans le tissu adipeux ; on sait que l’activité de la connexine change lors de l’exposition aux acides gras oméga-3. Des effets d’interaction significatifs ont également été trouvés dans trois autres loci dans les gènes SLC12A3 (HDL-C), ABCA6 (LDL-C), et MLXIPL (LDL-C), mais des effets principaux hautement significatifs sont également présents.
Cette étude identifie de nouveaux effets d’interaction gène-diète pour quatre loci génétiques, dont les effets sur les lipides sanguins sont modifiés par la supplémentation en huile de poisson. Ces résultats soulignent la nécessité et la possibilité d’une nutrition personnalisée.
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