Les différences de microbiote intestinal observées chez les personnes autistes peuvent être dues à des préférences alimentaires

“Le rôle du microbiome intestinal dans l’autisme suscite beaucoup d’intérêt, mais il n’y a pas beaucoup de preuves tangibles”, explique l’auteur principal Jacob Gratten, de Mater Research, en partenariat avec l’université du Queensland à Brisbane, en Australie. “Notre étude, qui est la plus importante à ce jour, a été conçue pour surmonter certaines des limites des travaux antérieurs.”

Au cours de la dernière décennie, le séquençage de nouvelle génération des espèces microbiennes de l’intestin ayant rendu l’analyse du microbiome plus automatisée et moins longue, un certain nombre d’études ont examiné le lien entre des espèces particulières de microbes dans l’intestin et la santé mentale. L’axe intestin-cerveau a été lié non seulement aux TSA, mais aussi à l’anxiété, à la dépression et à la schizophrénie. La possibilité de cibler le microbiote est un domaine de recherche croissant pour de nouveaux traitements.

Dans l’étude de Cell, les chercheurs ont analysé des échantillons de selles provenant de 247 enfants âgés de 2 à 17 ans. Les échantillons ont été recueillis auprès de 99 enfants atteints de TSA, de 51 frères et sœurs jumelés non diagnostiqués et de 97 enfants non apparentés et non diagnostiqués. Les sujets inclus dans l’analyse provenaient de l’Australian Autism Biobank et du Queensland Twin Adolescent Brain Project.

Les chercheurs ont analysé les échantillons par séquençage métagénomique, qui examine le génome entier des espèces microbiennes plutôt que de courts codes-barres génétiques (comme dans l’analyse 16S). Cette technique fournit également des informations au niveau des gènes plutôt qu’au niveau des espèces, et donne une représentation plus précise de la composition du microbiome que l’analyse 16S, une technique utilisée dans de nombreuses études antérieures liant le microbiome à l’autisme.

“Nous avons également tenu compte du régime alimentaire dans toutes nos analyses, ainsi que de l’âge et du sexe”, explique la première auteure, Chloe Yap, étudiante en médecine et en doctorat qui travaille avec Gratten. “Le microbiome est fortement affecté par l’environnement, c’est pourquoi nous avons conçu notre étude avec deux groupes de comparaison.”

Sur la base de leur analyse, les chercheurs ont trouvé des preuves limitées d’une association directe de l’autisme avec le microbiome. Cependant, ils ont trouvé une association hautement significative entre l’autisme et l’alimentation et ont constaté qu’un diagnostic d’autisme était associé à une alimentation moins diversifiée et de moins bonne qualité. De plus, les mesures psychométriques du degré de traits autistiques (y compris les intérêts restreints, les difficultés de communication sociale et la sensibilité sensorielle) et les scores polygéniques (représentant un proxy génétique) pour les TSA et les comportements impulsifs/compulsifs/répétitifs étaient également liés à une alimentation moins diversifiée.

“Dans l’ensemble, les données soutiennent un modèle étonnamment simple et intuitif, selon lequel les traits liés à l’autisme favorisent des préférences alimentaires restreintes”, explique Yap. “Cela conduit à son tour à une plus faible diversité du microbiome et à des selles plus proches de la diarrhée”.

Les chercheurs reconnaissent plusieurs limites aux travaux actuels. L’une d’elles est que la conception de l’étude ne permet pas d’exclure les contributions du microbiome avant le diagnostic de TSA, ni la possibilité que les modifications du microbiome liées à l’alimentation aient un effet de rétroaction sur le comportement. D’autre part, les chercheurs n’ont pu tenir compte de l’effet possible des antibiotiques sur le microbiome qu’en excluant les personnes prenant ces médicaments au moment du prélèvement des selles. Enfin, aucun ensemble de données comparables n’est actuellement disponible pour confirmer les résultats.

“Nous espérons que nos résultats encouragent les autres membres de la communauté de recherche sur l’autisme à collecter systématiquement des métadonnées dans les études “omiques” afin de prendre en compte des facteurs de confusion potentiels importants (mais souvent sous-estimés) tels que le régime alimentaire”, déclare Gratten. “Nos résultats mettent également en lumière la nutrition des enfants diagnostiqués autistes, qui est un facteur cliniquement important (mais sous-estimé) contribuant à la santé et au bien-être général.”

Les chercheurs prévoient de générer de nouvelles données dans un échantillon plus large afin de reproduire leurs résultats.