La métagénomique profonde examine le microbiome buccal pendant les caries dentaires, révélant de nouveaux taxons et des cooccurrences avec des molécules hôtes

L’assemblage de novo du séquençage métagénomique a permis d’obtenir 527 génomes assemblés par métagénome (MAG), représentant 150 espèces bactériennes. Quarante-deux de ces espèces n’avaient aucun génome dans les dépôts publics, représentant ainsi de nouveaux taxons. Ces nouveaux génomes ont considérablement élargi les pangénomes connus de nombreux clades oraux, y compris les énigmatiques clades Saccharibacteria G3 et G6, qui avaient des répertoires fonctionnels distincts par rapport aux autres Saccharibacteria oraux. Les saccharibactéries sont considérées comme des épibiontes obligatoires, qui dépendent des bactéries hôtes. Ces données suggèrent que les divers clades de Saccharibacteria peuvent dépendre de leurs hôtes pour des besoins métaboliques très distincts, ce qui aurait des implications évolutives et écologiques importantes. Dans le groupe d’étude, Rothia, Neisseria et Haemophilus spp. étaient associés à une bonne santé dentaire, tandis que Prevotella spp., Streptococcus mutans et l’herpèsvirus humain 4 (virus d’Epstein-Barr [EBV]) étaient plus fréquents chez les enfants atteints de caries. Enfin, 10 des marqueurs immunologiques de l’hôte étaient significativement élevés dans le groupe des caries, et l’analyse de cooccurrence a fourni un atlas des relations potentielles entre les microbes et les molécules immunologiques de l’hôte.

Dans l’ensemble, cette étude a illustré le microbiome oral à une résolution sans précédent et a fourni plusieurs pistes pour une étude plus approfondie qui permettra d’améliorer la compréhension de la pathogenèse des caries et de guider le développement thérapeutique.